La Junta de Centro es la máxima autoridad del Centro Regional y está presidida por el Director del Centro Regional e integrada por representantes administrativos, docentes y estudiantes de cada una de las carreras que se imparten en el Centro Regional. Todos los integrantes tienen como misión principal, velar constantemente, por el buen funcionamiento académico, de investigación y la correcta administración del Centro Regional.

Los representantes de los Centros Regionales, son escogidos por votación directa entre ellos, cada tres años. También participa un representante del sector de investigación escogido por el Consejo de Investigación, Postgrado y Extensión.
Actualmente la Junta del Centro Regional de Bocas del Toro, está conformada por los siguientes funcionarios.

Director –  Dr. José Mendoza A.
Representante de Bienestar Estudiantil –  Licenciada. Eylyn Ábrego.
Representante del sector de Investigación, Postgrado y Extensión – Licenciado Carlos González C.
Secretaria –  Lcda. Zuleyka Blandford.
Representante del Sector Administrativo –  Sra. Gloriela Zapata y Lcdo. Domingo Villagra Z.

Dr. José Mendoza A.
Director del Centro Regional
Correo electrónico:  [email protected]